Одним із завдань екологічного моніторингу є оцінка ступеня забрудненості водних об'єктів. При цьому всі показники якості вод можна розділити на три групи: гідрохімічні, гідрологічні та гідробіологічні.

У рамках державного моніторингу водних об'єктів нормування використовується:

• для встановлення меж водокористування;
• для розробки та прийняття нормативів, стандартів і правил у використанні і охороні водних об'єктів.

З метою охорони водойм від забруднень розроблені гранично допустимі концентрації (ГДК) речовин, що погіршують якість води. Під якістю води розуміється характеристика її складу і властивостей, що визначає її придатність для конкретних видів водокористування (ГОСТ 17.1.1.01-77 Гідросфера. Використання та охорона вод основні терміни та визначення). Критерії якості є ознаки, за якими проводиться оцінка якості води.

Правила охорони поверхневих вод визначають норми якості води водотоків і водойм для господарсько-питного, культурно-побутового та рибогосподарського водокористування.

Види водокористування на водних об'єктах встановлюються Міністерством природних ресурсів РФ і Державним комітетом РФ по охороні навколишнього середовища і зазвичай мають затверджуватися органами місцевого самоврядування суб'єктів РФ.

Господарсько-питне водокористування передбачає використання водних об'єктів як джерел господарсько-питного водопостачання населення і підприємств харчової промисловості. Відповідно до «Санітарних правил і норм (СанПіН 2.1.4.559-96)», питна вода повинна бути безпечна в епідемічному й радіаційному відношенні, нешкідлива за хімічним складом і повинна мати сприятливі органолептичні властивості.

Під культурно-побутовим водокористуванням розуміється використання водних об'єктів для купання, відпочинку та занять спортом. Вимоги до якості води для цього типу водокористування поширюються на всі водні об'єкти, що знаходяться в межах населених пунктів.

У РФ рибогосподарські водні об'єкти можуть належати до трьох категорій:

• до вищої категорії відносяться місця нерестовищ, масового нагулу і зимарки цінних видів риб, а також охоронні зони господарств, що займаються розведенням і вирощуванням риб і інших водних тварин;

• до першої категорії відносяться водойми і водотоки, які використовуються для збереження та відтворення цінних видів риб, що мають високу чутливість до концентрації кисню у воді;

• до другої категорії відносяться водойми, що використовуються для інших рибогосподарських потреб.

Гранично допустима концентрація ЗР у водних об'єктах господарсько-питного та культурно-побутового призначення (ПДКв) - це концентрація речовини у воді, яка не повинна надавати прямого або опосередкованого впливу на організм людини протягом усього життя. Вона також не повинна погіршувати гігієнічні властивості води.

Гранично допустима концентрація шкідливих речовин в рибогосподарських водоймах (ПДКвр) - це концентрація ЗР у воді, яка не повинна надавати шкідливого впливу на промислових риб .

ГДК у водоймах встановлюється для різних типів водокористування за кількома показниками.

ПДКв для господарсько-питного та культурно-побутового водокористування визначається за трьома показниками шкідливості:

• органолептичний;
• загально-санітарний;
• санітарно-токсикологічний.

Для рибогосподарського водокористування (ПДКвр) встановлюється з урахуванням наступних показників:

• органолептичного;
• санітарного;
• санітарно-токсикологічного;
• токсикологічного;
• рибогосподарського.

Органолептичний показник дає уявлення про зміни органолептичних властивостей води.

Загально-санітарний показує вплив речовин на процеси природного самоочищення водойми на основі хімічних і біохімічних процесів за участю мікроорганізмів.

Санітарно-токсикологічний показник вказує на шкідливий вплив речовини на організм людини, а токсикологічний характеризує токсичність речовини для живих організмів.

Рибогосподарський показник визначає погіршення якості промислових риб.

Крім нормативів факторів впливу, існують нормативи для джерел впливу . До недавнього часу широко використовувалося поняття гранично допустимого скидання ( ПДС ) - маса речовини в стічних водах, максимально допустима до відведення із установленим режимом у даному пункті водного об'єкта в одиницю часу з метою забезпечення норм якості води в контрольному пункті (ГОСТ 17.1.1.01-77 Охорона природи. Гідросфера. Використання та охорона вод. Основні терміни і визначення.) Величина цього показника встановлювалася, виходячи з умов неперевищення гранично допустимих концентрацій шкідливих речовин (ГДК) в контрольному створі або на ділянці водного об'єкта з урахуванням його цільового використання, а при перевищенні ГДК в контрольному створі - з умови збереження (непогіршення) складу і властивостей води у водних об'єктах, що сформувалися під впливом природних факторів.

У 2007 році наказом Міністерства природних ресурсів була затверджена нова методика розробки нормативів допустимих скидів речовин і мікроорганізмів у водні об'єкти для водокористувачів, відповідно до якої разом з ПДС вводиться поняття нормативно допустимого скидання (ПДВ).

До гідрологічним показниками забрудненості водних екосистем відносять:

• величину абсолютного показника загального навантаження при заданих забезпечених витратах води в річці;

• показник перевищення забрудненості над нормою;

• показник неперевищення забруднення над нормою;

• показник щодо навантаження потоку забруднюючим речовиною.

Широке поширення отримали гідробіологічні інтегральні показники оцінки якості вод. Класична система біологічного аналізу якості вод була розроблена біологами Р. Кольквітцом і М. Марссоном (1902). Класи якості води за гідробіологічними і мікробіологічними показниками в нашій країні визначаються «Правилами контролю якості води водозливів і водотоків» (ГОСТ 17.1.3.07-82), які регламентують зміст програм контролю гідрологічних, гідрохімічних і гідробіологічних показників, періодичність контролю, а також призначення і розташування пунктів відбору проб.

Таким чином, оцінка якості води проводиться на основі зіставлення результатів аналізу хімічного складу, фізичних властивостей, гідро-і мікробіологічних характеристик води в окремих точках водойми з відповідними нормативними показниками її якості.